1个月内6篇CNS文章加持，YYDS啊!号称宇宙最火的天然 ...

笨死的猪

什么生信方向的创新性高、可信度也高？
那必须是有CNS等top期刊加持的方向了吧！
有大佬背书，还是把原来做临床或实验类的方向拿来做生信切入点，这创新性不高都难啊
这次分享一个号称宇宙最火的天然免疫通路“cGAS-STING”，1个月内获6篇CNS文章加持，妥妥的CNS宠儿啊，话说它还有可能会霸屏2023年国自然，是不是YYDS？


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先来见识一下“cGAS-STING”通路
环GMP-AMP合成酶(cGAS)是一种进化上保守的胞质DNA传感器，合成cGAMP，它与干扰素基因刺激因子(STING)结合，触发炎性细胞因子的产生，包括I型干扰素。


（DOI：10.1038/s41581-022-00589-6）
具体通路：双链DNA与cGAS的结合引发蛋白质构象变化，导致cGAS二聚体的形成、其催化位点的激活和cGAMP的合成。然后，cGAMP作为内源性第二信使发挥作用，并与驻留在内质网中的STING结合。在被cGAMP激活后，STING通过内质网-高尔基体中间区室从内质网转移到高尔基体。在这里，STING寡聚化并充当募集和磷酸化丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TBK1的平台。这种激酶反过来磷酸化转录因子干扰素调节因子3 (IRF3)，后者二聚化并易位至细胞核，刺激IFNβ的表达。
“cGAS-STING”通路与哪些疾病有关呢？
cGAS-STING 可以感受胞质中异常存在的双链 DNA，并且与具体序列无关。故不论病原体感染带来的外源 DNA，还是细胞自身核或线粒体泄露的内源 DNA，都能激活 cGAS-STING 通路，进而诱导 I 型干扰素等的表达，启动固有免疫应答。
基因组或线粒体自身DNA激活cGAS-STING与许多自身炎症、自身免疫和神经退行性疾病、细胞衰老和老化以及急性和慢性肾损伤有关。


（DOI：10.1038/s41581-022-00589-6）
重点来了：“cGAS-STING”通路怎么做生信呢？
可以将cGAS-STING通路中参与的基因收集在一起作为一个“基因集合”往下做一些常规分析，还可以关联细胞死亡/衰老/肿瘤免疫等其他热点。
还可以单独分析通路中的某个基因做单基因分析
下面就给大家展示几篇利用“cGAS-STING”通路做生信的思路，一起来看看吧！
PART 01


题目：细胞溶质DNA传感器cGAS-STING作为肾癌免疫相关危险因素的鉴定
研究思路：鉴定了一个与cGAS-STING评分相关的基因特征。使用从TCGA队列中获得的RNAseq数据计算cGAS-STING表达的泛癌前景。肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)通过ssGSEA方法测定。Kaplan-Meier曲线、Cox回归分析和曲线下面积(AUC)被用于评估几种人类癌症的cGAS-STING风险评分和TIICs的预测性能。
PART 02


题目：STING通路有助于肝细胞癌的预后和与肿瘤微环境相关的预后基因特征的鉴定
研究思路：从GEO、TCGA和ICGC数据库获得了HCC的基因表达谱，从ImmPort数据库获得了免疫相关基因(IRG)。进行多变量Cox回归分析以确定独立的预后因素。建立诺模图来预测个体患者的生存概率。Kaplan-Meier曲线用于评估生存差异。之后，将ESTIMATE、TISCH和TIMER数据库结合起来评估免疫细胞浸润。此外，进行qPCR、western blotting和免疫组织化学来评估基因表达，并建立体外细胞模型来确定细胞迁移能力。
PART 03


题目：cGAS-STING相关基因对胃癌预后价值的鉴定和验证
研究思路：本研究旨在建立一个cGAS-STING通路相关基因(CSRs)预测模型来预测胃癌(GC)的预后。使用了TCGA、GEO、CIBERSORT和 TIMER建立了一个基于五个中枢基因(IFNB1、IFNA4、IL6、NFKB2和TRIM25)的风险模型来预测胃癌的总生存率。进一步的单变量Cox回归(URC)和多变量Cox回归(MCR)分析显示，这种风险评分模型是一个独立的因素。结果得到了GEO外部验证集的验证。通过基因集合富集分析(GSEA)评估多种免疫途径。
文章小结
蹭CNS的热点，发自己的文章，背靠大树好乘凉！目前cGAS-STING通路方向的生信文章并不多，并且这个通路可关联的疾病非常多，肿瘤和非肿瘤都可以做（悄悄告诉你：这个通路在非肿瘤疾病中做生信的非常少哦，创新性会更好一些），正是发文好时机，把握住哟！
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